為了填補香港的海防真空以備抵抗中國的侵略，皇家海軍在40年代末決定重建香港艦隊(Hong Kong Flotilla) 。這支香港艦隊在50年代初高峰期時的陣容包括10艘港防艇(Harbor Defense Motor Launches) 、4艘掃雷艇、8艘LCA、一些佩備近岸掃雷裝備的機動漁船和一支海軍陸戰旅(3rd Commando Brigade Royal Marines) 。這些艦隻和海軍陸戰旅在50年代經常被派往馬來西亞參與剿共作戰，在香港時就負責巡邏珠江三角洲執行對中國的反滲透和戰略禁運。

另外，雖然不在香港艦隊的建制之內，但包括第5巡洋艦隊(5th Cruiser Squadron) 、第8驅逐艦隊(8th Destroyer Flotilla) 、第1護航艦隊(1st Escort Flotilla) 以及第3、第4巡防艦隊 (Frigate Flotilla，1952年後改稱Frigate Squadron) 在內的皇家海軍遠東艦隊只要進入香港水域附近就會歸香港指揮部控制，而在維多利亞港靠泊的驅逐艦和巡防艦會在什何時候都至少有一艘負責24小時警戒。當其 他軍艦泊熄火時，負責24小時警戒的軍艦就會靠泊維多利亞港中心的浮標全員戰備升火待發，以應負任何突發事件。

1949年一艘載著逃命的中國國民黨軍隊將領的港澳客輪在航向澳門途中遭中共炮艇攔截打算強行登船，正在負責24小時警戒的巡防艦HMS St Bribe's Bay在收到客輪的求救後立即全速趕赴救援，在幾發4吋炮彈直接打在前頭的警告炮之下，中共炮艇知難而退。在中國大玩野蠻外交，台灣海軍經常在公海騷擾英國商船的五十年代，香港艦隊和遠東艦隊跟中國海軍以及台灣海軍對峙甚至交火的事件經常發生。

1950年韓戰爆發，香港的海軍船塢由於擁有為航空母艦等大型軍艦進行大修的能力，由航空母艦、巡洋艦、驅逐艦到巡防艦，包括加拿大澳洲紐西蘭在內參戰的大英國協軍艦都以香港作為整補基地，通常在海軍船塢三個月大修完畢的軍艦都會到大鵬灣或吐露港進行公試，然後開回駐地。到了1957年11月28日，因為遠東艦隊大多改以星加坡進行 大修，皇家海軍決定在1959年關閉香港的海軍船塢，但遠東艦隊仍然保持一艘巡防艦輪流駐防香港，直至1976年三月為止。

到了60 年代，隨著遠東艦隊調編和應付為了抵壘政策而湧來中國偷渡客，香港艦隊的任務重新定位為支援香港水警執行維持治安工作。由60年代的中國偷渡客到 70年代的越南船民，以至80年代起的走私大飛和引進孔雀級巡邏艦(Peacock Class)後的海上救難工作，除了90年代Peacock級巡邏艦和中國的越界軍艦的幾次對峙之外，香港艦隊的作業又回復到19世紀時那些前輩類似的警察任務。單是由1984年至1997年為止從皇家海軍駐港艦隊各艦平均每年至少對可疑船隻登船臨驗超過500次就可以看出使用之頻繁，以及中國人走私偷渡有多猖獗。

基於民族主義，中國和台灣普遍以負面的角度去看這支「對抗」中國和台灣超過150年的皇家海軍駐港艦隊。但在國際的角度來看，相比於剿匪不力甚至自兼海盜的中國海軍，這支駐港艦隊反而是珠江三角洲航運安全的守護神。

更諷刺的是，在香港人的觀點，民主國家軍隊比較親民開放的作風，令1997年後處處和香港人保持距離，連生活用品也全部在深圳採購的中國「解放」軍相形之下比皇家海軍還要像佔領軍。

除了海上救難和反走私反偷渡，孔雀級巡邏艇在1990年代還經常負貴一項相當敏感的任務：驅逐入侵香港領海的中國軍艦和公安邊防武警等單位的緝私艇。一方 面，中國軍方已經早就參與香港的走私活動，到了1990年代甚至明目張膽到有穿著軍裝、拿著AK-47的「解放」軍人員公然在香港領海和岸邊接應走私船的地步；另一方面，因為捉拿走私贓物有賞金可分，所以中國的公安邊防和武警的緝私艇經常侵犯香港的領海主權，越界追逐走私船。無論是走私還是反走私，對付這些侵犯香港主權的行為無可避免地成為香港水警以及皇家海軍駐港艦隊的工作，在一連串海上對峙中，這三艘孔雀級巡邏艇自然也不會缺席。

其中最嚴重的一次發生在1993年7月，當時幾艘中國的緝私艇公然進入香港西貢(香港的新界東部)外海捉拿走私船，因而遭到其中一艘孔雀級巡邏艇攔截。當時中國的緝私艇並不理會皇家海軍巡邏艇對他們發出的退出香港領海的要求，繼續追逐走私船，甚至已經有人員上炮位準備反過來攻擊皇家海軍的巡邏艇。事後英國經外交管道向中國抗議，中國本來死口不認，反而指稱皇家海軍的巡邏艇進入中國水域云云，直到英國拿出當日香港飛行服務隊派飛機拍下的存證照片之後，中國才收口，事件不了了之。

皇家海軍駐港艦隊最著名的任務是在1997年7月1 日中國佔領香港前夕即6月30晚，在近五萬依依不捨的香港人歡送下，由HMS Chatham(Type 22 Batch3型巡防艦)擔任旗艦，率領孔雀號(Peacock)、蒲樂福號(Plover)和薜達靈號(Starling)護送末任總督彭定康(Chris Patten)以及皇室成員乘坐的皇家遊艇不列顛尼亞號(HMY Britannia)返回英國。皇家海軍駐港艦隊的歷史正式結束。

護送任務結束之後，三艘孔雀級巡邏艇連同圖紙和設計專利權，以總價二千萬美元的「友誼價」賣給菲律賓海軍，分別改名為 Emilio Jacinto (PS-35，短命的菲律賓共和國(1896~1898)首任總統)、Apolinario Mabini(PS-36，菲律賓共和國憲法的起草人)以及Artemio Ricarte (PS-37，菲律賓共和國軍的指揮官)。